Flynn var þjóðaröryggisráðgjafi Bandaríkjaforseta en hann játaði við yfirheyrslur að hafa logið að alríkislögreglunni. Slíkir lygar eru litnir alvarlegum augum en þrátt fyrir það mun Mueller ekki krefjast þungrar refsingar yfir honum.
Í minnisblaði sem lekið var til fjölmiðla vestanhafs segir saksóknarinn að Flynn hafi útvegað rannsóknarnefndinni gagnlegar upplýsingar um möguleg tengsl kosningaliðs Donalds Trumps og rússneskra erindreka. Þrátt fyrir að aðeins hluti minniblaðsins sé orðinn opinber telur breska ríkisútvarpið það engu að síður benda til þess að fleiri uppljóstranir séu í vændum sem gætu komið Bandaríkjaforseta illa.

Minnisblaðið er ætlað dómaranum sem mun ákvarða örlög Flynn þann 18. desember næstkomandi. Í því segir að Flynn hafi rétt hjálparhönd og útvegað upplýsingar fyrir marga anga rannsóknarinnar, þar með talið um samstarf rússneskra stjórnvalda og kosningaliðsins. Þrátt fyrir að fjöldi einstaklinga hafi verið ákærðir í tengslum við rannsókn Muellers er Flynn sá eini sem hefur gengist við brotum sínum.
Þá hefur hann einnig viðurkennt að hafa rætt við sendiherra Rússlands í Washington um að afnema viðskiptaþvinganir Bandaríkjastjórnar gegn Rússum þegar Trump tæki við embætti. Hann átti síðar eftir að segja varaforseta Bandaríkjanna ósatt um efni og eðli samtalsins.