Houllier er hvað þekktastur fyrir tíma sinn sem stjóri Liverpool. Hann stýrði liðinu á árunum 1998-2004. Undir hans stjórn vann Liverpool ensku bikarkeppnina, enska deildabikarinn og Evrópukeppni félagsliða sama tímabilið (2000-01). Auk þess vann Liverpool deildabikarinn 2003 og Ofurbikar Evrópu 2001 undir stjórn Frakkans.
Houiller gerði bæði Paris Saint-Germain og Lyon að frönskum meisturum og stýrði franska landsliðinu um tíma.
Síðasta stjórastarf Houillers var með Aston Villa tímabilið 2010-11. Undir hans stjórn endaði liðið í 9. sæti ensku úrvalsdeildarinnar.
Houiller starfaði seinna fyrir Reb Bull fótboltasamsteypuna og sem tæknilegur ráðgjafi kvennaliðs Lyon.
