Ættum ekki að óttast stökkbreytingar veirunnar Kristín Ólafsdóttir skrifar 14. apríl 2020 11:41 Starfsfólk veirufræðideildar Landspítala að störfum í kórónuveirufaraldri. Ljósmynd/Landspítali/Þorkell Ekki ber að óttast stökkbreytingar á nýju kórónuveirunni, sem veldur Covid-19-sjúkdómnum, heldur nota þær til að varpa ljósi á smitleiðir og framvindu faraldursins. Þetta kemur fram í umfjöllun Arnars Pálssonar, erfðafræðings og prófessor í lífupplýsingafræði við Háskóla Íslands, á Vísindavefnum. „Þegar talað er um afbrigði kórónuveirunnar sem veldur Covid-19 er vísað í hópa sem greina má að vegna mismunandi erfðabreytileika,“ segir í umfjölluninni. Talsvert hefur verið fjallað um stökkbreytingar veirunnar, sem á upptök sín í kínversku borginni Wuhan. Þannig hefur ítrekað verið vísað í niðurstöður kínverskrar rannsóknar, þar sem skilgreind voru tvö afbrigði veirunnar út frá algengum stökkbreytingum; L og S. Ekki eru þó talin næg gögn til staðar til að slá því föstu að um mismunandi afbrigði sé að ræða, að sögn Jóns Magnúsar Jóhannessonar, sérnámslæknis á Landspítalanum. Stökkbreyting snemma í ferlinu merkir alla afkomendur Arnar bendir á í umfjöllun sinni að veiran hafi „stokkið einu sinni úr dýri yfir í mann, einhvern tímann undir lok ársins 2019,“ líkt og komið hefur fram. Þar er að finna rót ættartrés þessarar tilteknu veiru og allar veirurnar sem valdið hafa faraldrinum eru afkomendur hennar. „Allar veirur sem berast frá sýktum einstaklingi bera afrit erfðamengis veirunnar sem sýkti þann einstakling, með nokkrum frávikum vegna stökkbreytinga,“ segir Arnar. Hver sýktur einstaklingur sýki að meðaltali tvo til fjóra einstaklinga – og í hverri veirukynslóð verði einhverjar stökkbreytingar á erfðaefni veiranna. „Stökkbreytingar ber ekki að óttast heldur nota til að rekja smitið. Stökkbreyting sem varð í veiru snemma í faraldrinum merkti alla afkomendur hennar. Stökkbreyting sem verður seinna auðkennir undirhóp sem er kominn frá tiltekinni veiru,“ segir Arnar, og vísar jafnframt í þessu samhengi í grein veiru- og líffræðinga um breytileika í veirunni sem kom út í tímaritinu Nature Microbiology snemma í febrúar. Þá má sjá breytileikann útskýrðan á meðfylgjandi mynd. Stökkbreytingar á erfðaefni veiru sem berst milli einstaklinga (gráir hringir) má nota til að rekja smitið. Ættartré veiranna endurspeglar smitsöguna. Myndin sýnir einfaldað tilfelli. Sýndir eru litningar 5 gerða af veiru, sem eru ólíkir vegna 7 stökkbreytinga (litaðar línur). Þessir litningar mynda þá fimm ólíkar setraðir (e. haplotypes) sem einnig má kalla afbrigði. Sumar stökkbreytingar eru eldri (og finnast í tveimur eða fleiri gerðum), en aðrar yngri og finnast bara í einni gerð.Vísindavefurinn „Ef veira greinist í einstaklingi sem ekki er vitað hvernig smitaðist, er hægt að raðgreina erfðamengi veirunnar og máta það við þær þúsundir erfðamengja sem nú eru þekkt. Þannig var hægt að komast að því að hvaðan veirurnar sem bárust til Íslands komu. Smitið barst snemma með fólki sem kom frá Austurríki, en greinilegt var að það kom einnig frá nokkrum öðrum löndum,“ segir í umfjöllun Arnars. Í lok mars hafði Íslensk erfðagreining raðgreint um 40 stökkbreytingar af veirunni í skimun sinni hér á landi. Þá hafði einn einstaklingur greinst hér á landi með tvenns konar stökkbreytingu veirunnar. Ekkert bendir þó til þess að svo stöddu að hægt sé að sýkjast aftur af veirunni. Engin gögn sýna að munur á milli „afbrigða“ veirunnar breyti nokkru varðandi dreifingu, einkenni eða alvarleika veikinda. Umfjöllun Arnars á Vísindavefnum má nálgast í heild hér. Faraldur kórónuveiru (COVID-19) Heilbrigðismál Tengdar fréttir Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52 Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41 Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09 Mest lesið Sæðisgjafamálið: „Við fjölskyldan vöknuðum upp við vondan draum“ Innlent Gerðu engin mistök með nafngreiningu vændiskaupanda Innlent Gagnrýnir að auglýsingaskilti sé sett framar umferðaröryggi barna í forgangsröðinni Innlent Rýnt í stöðuna í Úkraínu: Óvinafögnuður Trumps og Pútíns Erlent Missti af afhendingunni en er komin heil á húfi til Osló Erlent Fjögur börn á Íslandi getin með sæði mannsins Innlent Varar Íslendinga við værukærð eftir að „Pólverjar lögleiddu pyntingar“ Innlent Landsmenn sáttir: „Þetta eru bara glæpahundar“ Innlent Stormur gengur yfir sunnan- og vestanvert landið Veður Helmingur ríkisstofnana hafi stytt opnunartíma Innlent Fleiri fréttir Helmingur ríkisstofnana hafi stytt opnunartíma Sæðisgjafamálið: „Við fjölskyldan vöknuðum upp við vondan draum“ Gerðu engin mistök með nafngreiningu vændiskaupanda Gagnrýnir að auglýsingaskilti sé sett framar umferðaröryggi barna í forgangsröðinni „Þá sýndu stjórnvöld kjark“ Fjögur börn á Íslandi getin með sæði mannsins Útvarp Sólheimar er vinsæl útvarpsstöð Landsmenn sáttir: „Þetta eru bara glæpahundar“ Varar Íslendinga við værukærð eftir að „Pólverjar lögleiddu pyntingar“ Breiðholtsbrautin opin á ný Áfram gert ráð fyrir gosi þrátt fyrir litla skjálftavirkni Reyndu að kveikja eld í bílastæðahúsi Ekkert Eurovision og hreindýr sem heldur að það sé hundur Til skoðunar hvort ljósin hafi verið græn Ósáttur með ákvörðunina: „Mér finnst Rúv verða aðeins leiðinlegra fyrir vikið“ Maðurinn handtekinn aftur í tengslum við mannslátið Milduðu dóm konu sem braut á drengjum og einn vildi ekki refsa Ísland meðal ríkja sem vilja endurskoða túlkun Mannréttindasáttmálans Ísland verður ekki með í Eurovision Selfoss dreginn til hafnar á Hjaltlandseyjum Reiknar með fljótri og góðri ákvörðun fyrir Ísland Óska eftir vitnum að banaslysinu á Vesturlandsvegi Kalla eftir sérstakri umræðu um málefni skólameistara og framhaldsskóla Tölvuárás á kerfi Grundarheimilanna Úlfar þögull sem gröfin Vörubifreið ekið á undirstöður Breiðholtsbrúar Starfsmenn stefna Hval í samvinnu við fyrirtækið Viðgerð á Seyðisfjarðarlínunni muni taka tíma Hvalveiðimenn ætla í hart og örlög Íslands í Eurovision ráðast í dag Róbert vill leiða lista Viðreisnar í borginni Sjá meira
Ekki ber að óttast stökkbreytingar á nýju kórónuveirunni, sem veldur Covid-19-sjúkdómnum, heldur nota þær til að varpa ljósi á smitleiðir og framvindu faraldursins. Þetta kemur fram í umfjöllun Arnars Pálssonar, erfðafræðings og prófessor í lífupplýsingafræði við Háskóla Íslands, á Vísindavefnum. „Þegar talað er um afbrigði kórónuveirunnar sem veldur Covid-19 er vísað í hópa sem greina má að vegna mismunandi erfðabreytileika,“ segir í umfjölluninni. Talsvert hefur verið fjallað um stökkbreytingar veirunnar, sem á upptök sín í kínversku borginni Wuhan. Þannig hefur ítrekað verið vísað í niðurstöður kínverskrar rannsóknar, þar sem skilgreind voru tvö afbrigði veirunnar út frá algengum stökkbreytingum; L og S. Ekki eru þó talin næg gögn til staðar til að slá því föstu að um mismunandi afbrigði sé að ræða, að sögn Jóns Magnúsar Jóhannessonar, sérnámslæknis á Landspítalanum. Stökkbreyting snemma í ferlinu merkir alla afkomendur Arnar bendir á í umfjöllun sinni að veiran hafi „stokkið einu sinni úr dýri yfir í mann, einhvern tímann undir lok ársins 2019,“ líkt og komið hefur fram. Þar er að finna rót ættartrés þessarar tilteknu veiru og allar veirurnar sem valdið hafa faraldrinum eru afkomendur hennar. „Allar veirur sem berast frá sýktum einstaklingi bera afrit erfðamengis veirunnar sem sýkti þann einstakling, með nokkrum frávikum vegna stökkbreytinga,“ segir Arnar. Hver sýktur einstaklingur sýki að meðaltali tvo til fjóra einstaklinga – og í hverri veirukynslóð verði einhverjar stökkbreytingar á erfðaefni veiranna. „Stökkbreytingar ber ekki að óttast heldur nota til að rekja smitið. Stökkbreyting sem varð í veiru snemma í faraldrinum merkti alla afkomendur hennar. Stökkbreyting sem verður seinna auðkennir undirhóp sem er kominn frá tiltekinni veiru,“ segir Arnar, og vísar jafnframt í þessu samhengi í grein veiru- og líffræðinga um breytileika í veirunni sem kom út í tímaritinu Nature Microbiology snemma í febrúar. Þá má sjá breytileikann útskýrðan á meðfylgjandi mynd. Stökkbreytingar á erfðaefni veiru sem berst milli einstaklinga (gráir hringir) má nota til að rekja smitið. Ættartré veiranna endurspeglar smitsöguna. Myndin sýnir einfaldað tilfelli. Sýndir eru litningar 5 gerða af veiru, sem eru ólíkir vegna 7 stökkbreytinga (litaðar línur). Þessir litningar mynda þá fimm ólíkar setraðir (e. haplotypes) sem einnig má kalla afbrigði. Sumar stökkbreytingar eru eldri (og finnast í tveimur eða fleiri gerðum), en aðrar yngri og finnast bara í einni gerð.Vísindavefurinn „Ef veira greinist í einstaklingi sem ekki er vitað hvernig smitaðist, er hægt að raðgreina erfðamengi veirunnar og máta það við þær þúsundir erfðamengja sem nú eru þekkt. Þannig var hægt að komast að því að hvaðan veirurnar sem bárust til Íslands komu. Smitið barst snemma með fólki sem kom frá Austurríki, en greinilegt var að það kom einnig frá nokkrum öðrum löndum,“ segir í umfjöllun Arnars. Í lok mars hafði Íslensk erfðagreining raðgreint um 40 stökkbreytingar af veirunni í skimun sinni hér á landi. Þá hafði einn einstaklingur greinst hér á landi með tvenns konar stökkbreytingu veirunnar. Ekkert bendir þó til þess að svo stöddu að hægt sé að sýkjast aftur af veirunni. Engin gögn sýna að munur á milli „afbrigða“ veirunnar breyti nokkru varðandi dreifingu, einkenni eða alvarleika veikinda. Umfjöllun Arnars á Vísindavefnum má nálgast í heild hér.
Faraldur kórónuveiru (COVID-19) Heilbrigðismál Tengdar fréttir Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52 Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41 Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09 Mest lesið Sæðisgjafamálið: „Við fjölskyldan vöknuðum upp við vondan draum“ Innlent Gerðu engin mistök með nafngreiningu vændiskaupanda Innlent Gagnrýnir að auglýsingaskilti sé sett framar umferðaröryggi barna í forgangsröðinni Innlent Rýnt í stöðuna í Úkraínu: Óvinafögnuður Trumps og Pútíns Erlent Missti af afhendingunni en er komin heil á húfi til Osló Erlent Fjögur börn á Íslandi getin með sæði mannsins Innlent Varar Íslendinga við værukærð eftir að „Pólverjar lögleiddu pyntingar“ Innlent Landsmenn sáttir: „Þetta eru bara glæpahundar“ Innlent Stormur gengur yfir sunnan- og vestanvert landið Veður Helmingur ríkisstofnana hafi stytt opnunartíma Innlent Fleiri fréttir Helmingur ríkisstofnana hafi stytt opnunartíma Sæðisgjafamálið: „Við fjölskyldan vöknuðum upp við vondan draum“ Gerðu engin mistök með nafngreiningu vændiskaupanda Gagnrýnir að auglýsingaskilti sé sett framar umferðaröryggi barna í forgangsröðinni „Þá sýndu stjórnvöld kjark“ Fjögur börn á Íslandi getin með sæði mannsins Útvarp Sólheimar er vinsæl útvarpsstöð Landsmenn sáttir: „Þetta eru bara glæpahundar“ Varar Íslendinga við værukærð eftir að „Pólverjar lögleiddu pyntingar“ Breiðholtsbrautin opin á ný Áfram gert ráð fyrir gosi þrátt fyrir litla skjálftavirkni Reyndu að kveikja eld í bílastæðahúsi Ekkert Eurovision og hreindýr sem heldur að það sé hundur Til skoðunar hvort ljósin hafi verið græn Ósáttur með ákvörðunina: „Mér finnst Rúv verða aðeins leiðinlegra fyrir vikið“ Maðurinn handtekinn aftur í tengslum við mannslátið Milduðu dóm konu sem braut á drengjum og einn vildi ekki refsa Ísland meðal ríkja sem vilja endurskoða túlkun Mannréttindasáttmálans Ísland verður ekki með í Eurovision Selfoss dreginn til hafnar á Hjaltlandseyjum Reiknar með fljótri og góðri ákvörðun fyrir Ísland Óska eftir vitnum að banaslysinu á Vesturlandsvegi Kalla eftir sérstakri umræðu um málefni skólameistara og framhaldsskóla Tölvuárás á kerfi Grundarheimilanna Úlfar þögull sem gröfin Vörubifreið ekið á undirstöður Breiðholtsbrúar Starfsmenn stefna Hval í samvinnu við fyrirtækið Viðgerð á Seyðisfjarðarlínunni muni taka tíma Hvalveiðimenn ætla í hart og örlög Íslands í Eurovision ráðast í dag Róbert vill leiða lista Viðreisnar í borginni Sjá meira
Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52
Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41
Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09