Reuters-fréttastofan segir að 53 séu um borð í kafbátnum sem var smíðaður í Þýskalandi árið 1978, af gerðinni KRI Nanggala-402. Báturinn var við tundurskeytaæfingar en óttast var um afdrif hans þegar stjórnendur hans höfðu ekki samband á tilsettum tíma.
Talið er að kafbáturinn hafi horfið um 96 kílómetra norður af Balí snemma í morgun, að sögn breska ríkisútvarpsins BBC.
Yfirvöld í Ástralíu og Singapúr hafa ekki svarað því hvort að þau ætli að koma Indónesíumönnum til aðstoðar í leitinni.